Ebeneser-säätiön ylläpitämä Lastentarhamuseo on perustettu vuonna 1998. Lastentarhamuseo on Pohjoismaiden mittakaavassa ainoa ammatillinen lastentarhatyön perinnettä tallentava museo. Museon tavoitteena on ylläpitää ainutlaatuista museokonseptia, jonka keskiössä on varhaislapsuus sekä toimintana yleisötyössä että kokoelmapoliittisina valintoina.

Ebeneser-säätiön hallitus teki ”Lastentarhatyön ja -koulutuksen museon” perustamisesta periaatepäätöksen vuonna 1997. Museota oli suunniteltu pitkään ja sen perustamisesta haaveiltu jo vuosia. Erilaisia lastentarhatyön historiaan liittyviä esineitä oli lahjoitettu Ebeneser-säätiölle jo ennen Lastentarhamuseon perustamista, mikä käy ilmi vanhoista säätiön hallituksen pöytäkirjoista. Esimerkiksi vuonna 1987 todetaan seuraavaa: ”[Lastentarhanopettaja]opiston veistonopetus siirtyy syksyllä 1987 pois Ebeneseristä. Hallitus päätti, että sellaiset vanhat veistotyövälineet, joilla mahdollisesti on museoesineenä arvoa ja jotka aikoinaan on säätiön varoilla hankitut, jätetään Ebeneseriin. Muut välineet luovutetaan opiston omistukseen.” Arkistomateriaalia oli tallennettu jo pitkään ennen museon perustamista.

Lastentarhamuseon (jota kutsuttiin aluksi myös Lastentarhatyön museoksi) perustamiseen suuresti vaikuttaneita henkilöitä olivat muun muassa opetusneuvokset Siiri Valli (1919–2005) ja Pirkko Salpakivi (1931–2010). Ensimmäiseen museotyöryhmään kuuluivat heidän lisäkseen intendentti Heli Halste-Korpela Helsingin kaupunginmuseosta, arkkitehti Aino Tuori sekä Ebeneser-säätiön toiminnanjohtaja Maija Meretniemi. Kiittäminen on myös Kaarina Wuoristoa (1911–2005) – museota on myöhemmin voitu kehittää sekä hänen että Siiri Vallin testamenttilahjoitusten turvin.

Ensimmäinen perusnäyttely avattiin 1.9.1998 Ebeneser-talon 4. kerroksessa 110-vuotiaan kansanlastentarhatyön kunniaksi ja se sai nimekseen ”Leikki – oppiminen – työ”. Juhlavuoden myötä sitä kutsuttiin myös juhlanäyttelyksi. Näyttelystä kertovan tiedotteen mukaan ”näyttelyssä luodaan katsaus lelujen ja toimintamuotojen muuttumiseen vuosien saatossa, esitellään Fröbelin ja muiden aikalaisten pedagogiikkaa välineistöjen avulla, kerrotaan lastentarha-aatteen tulosta Suomeen ja lastentarhojen menetelmistä.” Ensimmäinen näyttely oli avoinna keskiviikkoisin klo 12–15 ja pääsymaksut yksittäisiltä kävijöiltä 20 mk. Lapsiryhmiä vastaanotettiin erillisen sopimuksen mukaan ja päiväkotiryhmän vierailun hinta oli 50 mk.

Näyttelyn aiheena oli suomalaisen lastentarhatyön muotoutuminen 1800-luvulta alkaen, minkä lisäksi esiteltiin esimerkiksi vaihtoehtopedagogiikoita ja muita kansainvälisiä virtauksia. Aihepiiri oli laaja ja näyttelyssä sitä käsiteltiin sekä yksittäisten esineiden, pienten interiöörien että erilaisten tekstitaulujen kautta.